物联网工程系是在物联网工程专业基础上筹建的。南开大学物联网工程专业创建于2012年，重在培养掌握物联网体系结构、物联网设计原理、物联网应用、物联网安全等技术的物联网工程复合型人才。物联网工程系的新时代特色鲜明，经过近几年的快速发展，已形成了完整教学科研体系。

物联网工程系下设物联网工程专业和网络科学与工程专业（筹）。其中，物联网工程专业是在计算机科学与技术、自动化等相关专业基础上建立起来的复合型专业，2014年首次招收本科生，依托计算机科学与技术一级学科博士学位授予点，形成了本硕博一体的完整培养体系。物联网工程系建设有“智慧校园—物联网系统教学示范系统”，受到南开大学新闻网、中国科学报、人民网、新华网、新浪网和中国教育网络等媒体报道，对于培养学生的动手实践以及创新实训等能力具有重要的支撑作用，包括首届本科毕业生宋群同学在UbiComp 2018顶级会议上发表学术论文。近年来主持和参与国家重点研发计划课题、国家自然科学基金、省部级科技计划项目10余项，在国内外高水平期刊和会议上发表论文百余篇，并围绕边缘计算、网络科学、智慧城市、区块链等方面取得很好的成果及应用案例。